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通城二八杠:如何用ImageJ测量图片不规则区域面积?

分享人:绿水悠悠 来源:互联网 时间:2018-06-04 阅读:0

在线二八杠 www.kc6n.com.cn 最近,生信交流群(群号:659344871)有童鞋问怎么计算叶片的病斑面积,在之前的《如何用ImageJ进行细胞计数?》一文已向大家介绍了如何用ImageJ进行图片的斑点计数。


ImageJ 当然也可用来分析如叶片面积,划痕实验的划痕面积等不规则区域的面积,方法其实和计数的方法几乎一样。

 

下面,我们就看一下如何测量叶片病斑的面积。

 

首先,通过File\Open打开需要分析的图片,然后通过Image\Type\8-bit(如下图)将图片的色彩模式改为8位的灰度图。 

如果觉得病斑和叶片的区分度(对比度)不是很高,可通过Image\ Adujust \ Brightness / Contrast,右移滑块(下图虚线框所示),给图片增加些对比度。

接下来是设置标尺的真实单位,也就是将图片的像素尺寸(pixels)换算为实际的物理尺寸,如这里的毫米。方法是根据照片中的尺子,用直线工具画一条已知长度的线段,然后通过Analyze \ Set Scale,设置换算关系,选择“Global“,点OK 完成设置。

 

确认无误后,如果觉得尺子碍事,可用矩形工具选择要保留的区域,通过Image\Crop 可把照片中的尺子裁掉(可不裁)。

然后,通过Process \ Binary \ Make Binary,使用自动阈值(automated threshold)将整个灰度图片转化为仅有黑白两种颜色的黑白图。

当然你也可以通过Image\Adjust\Threshold,手动用阈值算法将图片颜色合并为两种来达到此目的,这样可以更加精细地调整病斑区域。

 

通过Analyse\Analyze Particales进入分析粒子窗口,设置“病斑“的最小Size(这里设为50,用以过滤小的斑点),Show :选择Outlines,以外轮廓的形式显示“病斑”;勾选Summarize,点击OK。


以轮廓的方式显示的效果如下:

在Summary窗口显示计算的面积,可反复多次测量,然后另存为“.xls”格式的文件。


如果病斑与叶片的颜色区分度不大,可用自由选择工具手动绘制选区,然后Ctrl+M,即可快速完成面积测定,今天的内容就到这里啦~



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